/* ── Dark mode (default) ───────────────────────────────── */
:root {
    --bg:           #080808;
    --bg-surface:   #111827;
    --bg-card:      #111827;
    --border:       #1f2937;
    --border-hover: #374151;
    --text:         #ffffff;
    --text-muted:   #aaaaaa;
    --text-dim:     #555555;
    --accent:       #00d4ff;
    --nav-bg:       #111111;
    --btn-primary-bg:    #ffffff;
    --btn-primary-text:  #000000;
    --btn-secondary-bg:  transparent;
    --btn-secondary-text: #ffffff;
    --btn-secondary-border: #333333;
    --btn-secondary-hover: #151515;
    --stat-num:     #00d4ff;
}

/* ── Light mode ────────────────────────────────────────── */
[data-theme="light"] {
    --bg:           #f0f4f8;
    --bg-surface:   #ffffff;
    --bg-card:      #ffffff;
    --bg-2:         #e8edf2;
    --bg-3:         #dde3ea;
    --border:       #d1d9e0;
    --border-2:     #b8c4ce;
    --text:         #0f172a;
    --text-2:       #334155;
    --text-muted:   #475569;
    --text-dim:     #64748b;
    --text-3:       #94a3b8;
    --accent:       #0284c7;
    --accent-dim:   #bae6fd;
    --accent-glow:  rgba(2, 132, 199, 0.1);
    --green:        #059669;
    --green-dim:    #d1fae5;
    --amber:        #d97706;
    --amber-dim:    #fef3c7;
    --red:          #dc2626;
    --red-dim:      #fee2e2;
    --gene-color:   #0d7c4e;
    --mutation-badge-bg:     rgba(5, 150, 105, 0.1);
    --mutation-badge-text:   #059669;
    --mutation-badge-border: rgba(5, 150, 105, 0.3);
    --nav-bg:                #ffffff;
    --btn-primary-bg:        #0f172a;
    --btn-primary-text:      #ffffff;
    --btn-secondary-bg:      transparent;
    --btn-secondary-text:    #334155;
    --btn-secondary-border:  #d1d9e0;
    --btn-secondary-hover:   #f1f5f9;
    --stat-num:              #0284c7;
    --surface:               #ffffff;
    --surface-2:             #f8fafc;
}

/* ── Reset ─────────────────────────────────────────────── */
*, *::before, *::after {
    box-sizing: border-box;
    margin: 0;
    padding: 0;
}

html { scroll-behavior: smooth; }

body {
    background: var(--bg);
    color: var(--text);
    font-family: sans-serif;
    font-size: 15px;
    line-height: 1.6;
    min-height: 100vh;
    transition: background 0.3s ease, color 0.3s ease;
}

a {
    color: var(--accent);
    text-decoration: none;
}

/* ── Navbar ────────────────────────────────────────────── */
.navbar {
    width: 100%;
    min-height: 4.5rem;
    background: var(--nav-bg);
    color: var(--text);
    box-shadow: 0 0.25rem 1rem rgba(0, 0, 0, 0.25);
    border-bottom: 1px solid var(--border);
}

.navbar-content {
    min-height: 4.5rem;
    display: flex;
    align-items: center;
    padding: 0 2.5rem;
    gap: 1rem;
}

.navbar-content h3 {
    flex: 1;
    font-size: 1.5rem;
    font-weight: 600;
    color: var(--text);
}

.nav-list {
    flex: 1;
    display: flex;
    justify-content: center;
    align-items: center;
    gap: 2.5rem;
    list-style: none;
}

.nav-pages a {
    color: var(--text-muted);
    text-decoration: none;
    font-size: 1rem;
    padding: 0.5rem 0.9rem;
    border-radius: 0.5rem;
    transition: background 0.2s ease, color 0.2s ease;
}

.nav-pages a:hover,
.nav-pages a.active {
    background: var(--border);
    color: var(--text);
}

.search-container {
    flex: 1;
    display: flex;
    justify-content: flex-end;
    align-items: center;
    gap: 0.75rem;
}

.search-container input {
    width: 14rem;
    padding: 0.6rem 1rem;
    background: var(--bg);
    color: var(--text);
    border: 1px solid var(--border);
    border-radius: 2rem;
    outline: none;
    font-size: 0.9rem;
    transition: border-color 0.2s ease, width 0.2s ease;
}

.search-container input::placeholder { color: var(--text-dim); }
.search-container input:focus { border-color: var(--accent); width: 18rem; }

/* ── Theme toggle button ───────────────────────────────── */
.theme-toggle {
    background: var(--bg);
    border: 1px solid var(--border);
    border-radius: 2rem;
    padding: 0.4rem 0.85rem;
    cursor: pointer;
    font-size: 0.85rem;
    color: var(--text-muted);
    transition: all 0.2s ease;
    white-space: nowrap;
}

.theme-toggle:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--text);
}

/* ── Buttons ───────────────────────────────────────────── */
.btn {
    padding: 0.9rem 1.4rem;
    border-radius: 0.5rem;
    text-decoration: none;
    font-size: 0.95rem;
    transition: 0.2s ease;
    display: inline-block;
}

.primary {
    background: var(--btn-primary-bg);
    color: var(--btn-primary-text);
}

.primary:hover {
    transform: translateY(-2px);
    box-shadow: 0 0.5rem 2rem rgba(0, 0, 0, 0.15);
}

.secondary {
    border: 1px solid var(--btn-secondary-border);
    color: var(--btn-secondary-text);
    background: var(--btn-secondary-bg);
}

.secondary:hover {
    background: var(--btn-secondary-hover);
}

/* ── Markdown in chat messages ─────────────────────────── */
.chat-msg.assistant p {
    margin-bottom: 0.6rem;
    line-height: 1.65;
}

.chat-msg.assistant p:last-child {
    margin-bottom: 0;
}

.chat-msg.assistant strong {
    color: var(--text);
    font-weight: 600;
}

.chat-msg.assistant ul,
.chat-msg.assistant ol {
    padding-left: 1.25rem;
    margin-bottom: 0.6rem;
}

.chat-msg.assistant li {
    margin-bottom: 0.3rem;
    line-height: 1.6;
}

.chat-msg.assistant a {
    color: var(--accent);
    text-decoration: none;
    border-bottom: 1px solid var(--accent-dim, #005f7a);
    transition: border-color 0.15s ease;
}

.chat-msg.assistant a:hover {
    border-color: var(--accent);
}

.chat-msg.assistant table {
    width: 100%;
    border-collapse: collapse;
    font-size: 0.82rem;
    margin-bottom: 0.75rem;
}

.chat-msg.assistant th {
    background: var(--bg);
    padding: 0.4rem 0.65rem;
    text-align: left;
    font-weight: 600;
    border-bottom: 1px solid var(--border);
    font-size: 0.75rem;
    text-transform: uppercase;
    letter-spacing: 0.05em;
    color: var(--text-dim);
}

.chat-msg.assistant td {
    padding: 0.4rem 0.65rem;
    border-bottom: 1px solid var(--border);
    vertical-align: top;
}

.chat-msg.assistant tr:last-child td {
    border-bottom: none;
}

.chat-msg.assistant code {
    font-family: monospace;
    font-size: 0.82rem;
    background: var(--bg);
    border: 1px solid var(--border);
    border-radius: 3px;
    padding: 0.1rem 0.35rem;
    color: var(--accent);
}

.chat-msg.assistant h3,
.chat-msg.assistant h4 {
    font-size: 0.9rem;
    font-weight: 600;
    color: var(--text);
    margin-bottom: 0.4rem;
    margin-top: 0.75rem;
}

/* ── Hamburger button ──────────────────────────────────── */
.hamburger {
    display: none;
    flex-direction: column;
    justify-content: center;
    gap: 5px;
    background: none;
    border: none;
    cursor: pointer;
    padding: 0.4rem;
    margin-left: auto;
}

.hamburger span {
    display: block;
    width: 22px;
    height: 2px;
    background: var(--text);
    border-radius: 2px;
    transition: all 0.25s ease;
}

/* Animated X when open */
.hamburger.open span:nth-child(1) {
    transform: translateY(7px) rotate(45deg);
}
.hamburger.open span:nth-child(2) {
    opacity: 0;
}
.hamburger.open span:nth-child(3) {
    transform: translateY(-7px) rotate(-45deg);
}

/* ── Mobile nav ────────────────────────────────────────── */
@media (max-width: 768px) {
    .navbar-content {
        flex-wrap: wrap;
        padding: 0.75rem 1.25rem;
        gap: 0.5rem;
    }

    .navbar-content h3 {
        flex: 1;
    }

    .hamburger {
        display: flex;
        order: 2;
    }

    .theme-toggle {
        order: 3;
    }

    .nav-list {
        display: none;
        flex-direction: column;
        width: 100%;
        order: 4;
        gap: 0;
        padding: 0.5rem 0;
        border-top: 1px solid var(--border);
    }

    .nav-list.open {
        display: flex;
    }

    .nav-pages a {
        display: block;
        padding: 0.65rem 0.5rem;
        border-radius: 0.4rem;
        font-size: 0.95rem;
    }

    .search-container {
        order: 5;
        width: 100%;
        justify-content: stretch;
    }

    .search-container input {
        width: 100% !important;
    }
}

/* ── Light mode hardcoded color overrides ──────────────── */
[data-theme="light"] .gene-name,
[data-theme="light"] .mutation-gene,
[data-theme="light"] .target-gene,
[data-theme="light"] .gene-title,
[data-theme="light"] .mut-code {
    color: var(--gene-color);
}

[data-theme="light"] .confirmed-tick,
[data-theme="light"] .confirmed-badge {
    color: var(--green);
    background: var(--green-dim);
    border-color: rgba(5, 150, 105, 0.3);
}

[data-theme="light"] .mut-chip {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .mut-chip.on-target {
    background: rgba(2, 132, 199, 0.08);
    border-color: rgba(2, 132, 199, 0.3);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .mut-chip.off-target {
    background: rgba(217, 119, 6, 0.08);
    border-color: rgba(217, 119, 6, 0.3);
    color: var(--amber);
}

[data-theme="light"] .mut-ref-count {
    background: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .target-pill {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .target-pill:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .target-pill.confirmed {
    border-color: rgba(5, 150, 105, 0.4);
}

[data-theme="light"] .class-badge {
    color: var(--accent);
    border-color: var(--border-2);
}

[data-theme="light"] .mutation-badge {
    background: var(--mutation-badge-bg);
    color: var(--mutation-badge-text);
    border-color: var(--mutation-badge-border);
}

[data-theme="light"] .pdb-code,
[data-theme="light"] .uniprot-id,
[data-theme="light"] .drugbank-id {
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .viewer-pdb {
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .chip-value {
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .stat-num {
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .pmid-badge {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .pmid-badge:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .source-badge {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .hint-chip {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .hint-chip:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .suggestion-chip {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .suggestion-chip:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .drug-item {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
}

[data-theme="light"] .drug-item:hover {
    border-color: var(--accent);
    background: var(--bg-card);
}

[data-theme="light"] .example-item {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] .example-item:hover {
    border-color: var(--accent);
    color: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .smiles-string {
    background: var(--bg-2);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-muted);
}

[data-theme="light"] #molstar-viewer {
    background: #e8f0f8;
}

[data-theme="light"] .no-structure {
    background: #e8f0f8;
    color: var(--text-dim);
}

[data-theme="light"] .viewer-header,
[data-theme="light"] .viewer-controls {
    background: var(--bg-2);
}

[data-theme="light"] .pdb-select {
    background: var(--bg-card);
    border-color: var(--border);
    color: var(--text);
}

[data-theme="light"] .section-title {
    border-color: var(--border);
    color: var(--text-dim);
}

[data-theme="light"] .info-card-title {
    color: var(--text-dim);
}

[data-theme="light"] .card-title {
    color: var(--text-dim);
}

[data-theme="light"] .nav-brand .dot {
    background: var(--accent);
    box-shadow: 0 0 8px var(--accent);
}

[data-theme="light"] .chat-send-btn {
    background: var(--accent);
    color: #fff;
}

[data-theme="light"] .chat-send-btn:hover {
    background: #0369a1;
}

[data-theme="light"] .msg-bubble.user {
    background: var(--accent);
    color: #fff;
}

[data-theme="light"] .thinking-dots span {
    background: var(--accent);
}

[data-theme="light"] .mut-chip.selected {
    background: rgba(220, 38, 38, 0.1);
    border-color: #dc2626;
    color: #dc2626;
}
/* ── Responsive ────────────────────────────────────────── */
@media (max-width: 900px) {
    .navbar-content { padding: 0 1.5rem; }
    .nav-list { gap: 1.5rem; }
    .search-container input { width: 10rem; }
}

@media (max-width: 600px) {
    .navbar { height: auto; }
    .navbar-content {
        flex-direction: column;
        padding: 1.5rem;
        gap: 1.5rem;
    }
    .navbar-content h3 { flex: none; }
    .nav-list {
        flex: none;
        flex-direction: column;
        gap: 1rem;
    }
    .search-container {
        flex: none;
        width: 100%;
        justify-content: center;
    }
    .search-container input { width: 90%; }
}